Kementerian Agama Republik Indonesia berdiri pada 3 Januari 1946, sebagai tindak lanjut amanat UUD 1945 Pasal 29 yang menegaskan bahwa negara berdasarkan Ketuhanan Yang Maha Esa serta menjamin kemerdekaan tiap pemeluknya untuk beribadat sesuai agama dan kepercayaannya. Menteri Agama pertama adalah Prof. Dr. HM. Rasyidi, M.A.

Struktur keagamaan yang sebelumnya bernama Shumuka pada masa pendudukan Jepang diubah menjadi Jawatan Agama dan ditempatkan di bawah Departemen Agama. Untuk wilayah Kabupaten Lima Puluh Kota dan Kota Madya Payakumbuh, kantor pertama kali berkedudukan di samping Kantor Bupati lama (sekarang gedung Dinas Kebakaran), dengan pimpinan pertama Bapak Baharuddin Buyung (alm.).

Pada masa awal, berbagai urusan seperti pendidikan agama, urusan agama, pengadilan agama, dan penerangan agama masih dikelola dalam satu atap hingga sekitar tahun 1973/1974. Setelah itu, Depag Kabupaten Lima Puluh Kota dan Depag Kota Madya Payakumbuh dipisahkan menjadi dua unit kerja mandiri. Untuk Kabupaten Lima Puluh Kota, pimpinan tetap dijabat oleh Bapak Baharuddin Buyung (alm.), kemudian dilanjutkan oleh pejabat-pejabat berikutnya.

Seiring perkembangan kelembagaan, sebutan Departemen Agama berubah menjadi Kementerian Agama sesuai dengan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 1 Tahun 2010, dan daerah turut menyesuaikan dengan perubahan tersebut.